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明朝共有北京、凤阳、南京三个都城，朱元璋在南京称帝后，开始大肆营建南京宫殿，他在位30多年就建了30多年，形成了皇宫、内城、外城、外城郭等建筑圈。1402年朱棣篡位后，定都北京，但作为陪都的南京城，依然没停止营建、修缮。万历时，欧洲传教士利玛窦来中国，看到南京城后，感叹为世界上最雄伟壮观的城市，明朝灭亡时南京故宫都保存完好。
图为明代南京皇城宫城复原图。
历史上的南京故宫由于三次大的破坏导致毁灭，一是清初为了平定江南地区，满清军队占领南京城后，为了将其改为驻防城，大规模的拆建、破坏；二是晚清太平天国定都南京后，为建天王宫殿，再一次东拆西建，几年后湘军攻陷南京，战火吞噬了剩下的皇城；三是1927年**定都南京后，为了城市建设，拆除了仅剩明皇宫的石料、砖瓦，用于铺路和南京城内的修建，甚至在明故宫基址上修建了军用机场，南京城内明皇宫的建筑越来越少。
民国时南京政府在明皇宫遗址上修建了明故宫机场，图为南京沦陷后百姓在机场放羊。
民国时期由于南京城建设，经常有施工地挖掘出古砖、木柱、木板、黄瓦、瓷器等文物，有些还非常珍贵，明故宫遗址逐渐受到了一些文物工作者的重视，于是从1929年开始，在南京古物所长卫聚贤的主持下，开始对明故宫进行发掘，不久发掘了大量珍贵文物，保护了仅存的建筑，建立了明故宫博物馆，1937年南京沦陷后，日本人和贼匪破坏盗窃，明故宫博物馆被毁，达官贵人盖房子都到明故宫遗址挑选材料，最后仅剩的建筑也荡然无存。
图为现存的明故宫遗址，午门。
今天的中都凤阳皇城最起码还有城墙、门、护城河、基址、丰富的遗址遗迹，而南京城的明故宫在解放后，又经历了大拆大建，现在明故宫遗址全被现代化建筑覆盖，仅剩几个门，几个石敦子、片瓦啥的，所以到今天明故宫现状连中都凤阳都不如，80的年代以后明故宫保护才被正视，但保护工作已越来越困难重重。
