为掠夺东南亚丰富的资源和建立殖民统治，日本在1941年12月7日偷袭珍珠港后的第二天，派遣以寺内寿一大将为总司令的南方军，按既定的侵略计划，向泰国、马来亚、菲律宾、关岛、威克岛、吉尔伯特群岛以及香港发动了进攻。

南方军下属的日军第25军在山下奉文中将的指挥下，于1942年1月7日攻占马来亚首府吉隆坡，接着便南下进攻新加坡。2月15日，马来英军司令珀西瓦尔中将，在山下奉文的恫吓胁逼下，签署了投降书。约8万英军放下武器，成了约2万极度疲惫且粮食弹药极为匮乏的日军的俘虏，闻名世界的军事要塞“狮子城”新加坡就此沦陷。

早在进攻新加坡之前，日军便在马来半岛上开始了对华人的屠杀。日本侵略军沿途所到之处，以“间谍”或“抗日分子”为名，将来不及逃生的华人或直接捆绑在树上加以杀害，或捆绑起来留待后续部队加以杀害，有的华人竟被残忍地开膛破肚。

占领新加坡后，山下奉文当即把全岛分为东部、中部、西部和市内四个占领区。东部由西村琢磨中将的近卫师团管辖，中部由松井太久郎中将的第5师团管辖，西部由牟田口廉也中将的第18师团管辖，市区则由各师团选出的一批部队编成的警备队、市川少佐和官本少佐率领的两支警备队以及大石正幸中佐率领的第2野战宪兵队管辖。第5师团的步兵第9旅团旅团长河村三郎少将被任命为市区的警备司令。

2月17日， 山下奉文对刚报到任职的河村三郎说：“为了支援其他方面发动新战役，部队必须马上调用许多兵力。但是到处潜伏着持敌对态度的华侨，企图妨碍我军作战。现在，我们要先发制人，把他们连根铲除，以绝我军作战的后顾之忧。详细部署由军参谋长下达”接着第25军参谋长铃本宗作中将向河村三郎下达了“肃清”华侨敌对分子的命令。铃木对河村说：“判定出敌对分子后当即处置(死刑)”

2月17日，日军将新加坡市区进行划区封锁，命令占市区居民数80%的约40万华侨，不分男女老幼，携带一周粮食，前往7个禁区接受所谓的“甄别审查”。然而心存疑惧的华人，几乎没有人主动前往禁区。于是日军架起机枪，并由日本宪兵进行挨家挨户搜查，把没去禁区仍待在家里的华人全都赶出家门。事后，在各家门口用粉笔写上“宪”或“捡”作为搜查完毕的标记。

不到3天，7个禁区内的学校、工厂、住宅、街道都挤满了华人。拥挤在一起的华人，白天烈日曝晒，夜晚寒风侵肌，在不时响起的枪声中忍受着饥渴和痛苦的煎熬，在死亡的恐怖中，心惊胆战地等待着审查。仅仅几天里，就有一百多人被挤死、闷死。2月20日，日军开始不分昼夜地进行所谓的“甄别审查”。

被审查者蹲着排成一列，在数名荷枪实弹的日本宪兵监视下，依次进入。受审者必须先向关口上坐着的凶神恶煞般的日本宪兵先三鞠躬，然后递上自己的履历表，接着在日本宪兵恶狠狠地逼视下接受审查如日本宪兵问：“**和汪精卫你喜欢哪个？”回答说汪精卫，便受欢迎。如果说**，就意味着死亡。

还有被问：“你知道陈嘉庚吗？”，若说“知道”，立即就遭到追问。若说“不知道”，则立即遭到毒打。紧接着是由日本豢养的特务和投敌的汉奸协助日军作所谓的“识别”。这些特务、汉奸充当鹰犬，为虎作伥，对受审者的履历表再次进行检查。在那些没有发现有抗日嫌疑的人的手上、身上或衣服随意按上个“检”字后放行。接下来是由数名日军再做一次核实。如没疑问就准许通过，好不容易通过的受审者，在走出来时，必须向持枪把守的日军再次行鞠躬礼，如稍一疏忽，就被罚下跪，受尽惊吓和侮辱。

在审查期间，日本侵略军常常玩弄鬼蜮使俩，用花言巧语诱骗受审者并加以杀害。如，日军土兵有时对着人群喊道：“参加过英国政府的义勇军和防空队的人举手”。看到被审查者疑虑不敢举手时，就接着又喊道：“因为日本政府打算继续征用各位，可以免予检查。”不知日军诡计的人刚一举手，立即被日军押上卡车，一去不回。再如，有时日军士兵对受审查者宣称：“拥有1万元以上财产者举手，可以优先释放。”那些急于想先得到释放的人，不知是圈套，便信以为真，但举手后也即被押上卡车，送往郊外处决。

血腥的“甄别审查”持续了约一周。在此期间，那些在审查中被认为是“肃清对象”或惊慌失态和神色可疑的“ 嫌疑分子”都被日军残忍地杀害。他们有的每两人双手反绑或多人捆成一串，被用船运到海上推下海淹死；有的押到海边被逼着朝海里走去，日军再用机枪扫射或用刺刀捅死；有的则先在日军刺刀逼迫下挖好深沟，然后成排站在沟里被逼迫喝毒药毒死；不喝的人就被枪杀。

甚至有的则被枭首示众，血淋淋的头颅挂在闹市处，旁边还贴着“斩奸状”，上面用英语、马来语、汉语、印地语四种文字写着：“这些家伙因刺杀日本兵被处死刑”，其状惨不忍睹。被杀害的华人中有马来亚各界抗敌后援会副会长、抗日妇女团体领导人田翠英，援英义勇军华侨部队领导人叶丙玉等知名人士。有的祖孙三代或父子兄弟全被杀害了。

与此同时， 管辖其他三个 区的日本侵略军也都以征用民夫为名，把华侨成批地拉到山中集体屠杀。1942年2月，在日军新加坡屠杀华人事件中，究竟有多少华人被残杀？因所谓“肃清”是在极其秘密中进行的，因此其准确数字已无从得知。但据战后的不完全统计，惨遭日军杀害的华人当为5至10万人。

日军主将山下奉文

美国国务院有关抗议日本虐待俘虏文件称：“据说在新加坡大约有15万中国人被日军杀死”柔佛州苏丹医生班德拉博士递交给东京战犯审判法庭的书面证词说：“我相信，在新加坡除去军人外，有15万以上的亚洲人被日本警察秘密处死或拷打致死。”日军在新加坡血腥屠杀华人的事件，是太平洋战争中规模最大的屠杀事件，也是第二次世界大战期间继南京大屠杀后日本军国主义对中国人所欠下的又一笔血债。