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东汉末，桓灵二帝年间，朝廷外有黄巾起义，朝廷内有宦官专政。董卓凭借作战粗猛有谋，力建战功。在这种大环境下快速崛起，颇著威名。中平六年（189年），受大将军何进、司隶校尉袁绍所召，率军进京讨伐十常侍。进京不久，何进被宦官所杀，袁绍出逃。京师大权得以落到董卓头上，作为实权派人物，随后董卓废少帝，立刘协即帝（是为汉献帝），开始了为其三年的专断朝政。
作为朝廷的外来户，董卓一向注重自己的人身安全，甚至上朝必穿带软甲，佩剑上朝。可以想象，他在自己的私人卫队的培养上多么的不遗余力。可以说是举朝廷之力，来养自己的卫队。飞熊军便是董卓保命的老本。为什么说飞熊军是董卓的私人卫队，是因为这支部队不隶属朝廷，只效忠董卓一人。飞熊军由其女婿牛辅号令，牛辅死后又由董卓部将李傕、郭汜、樊稠、张济统领。带甲二十万，雄赳赳，气昂昂，纵横于关中大地。飞熊军不仅人数众多而且作战彪悍，樊稠率领的三千飞熊军击退了马腾、韩遂的五万西凉铁骑联军，为董卓守住了西北大门，东部李傕、郭汜率领的三万飞熊军，驻守潼关，使得十八路诸侯联军不得寸进
。
董卓死后，李傕、郭汜、樊稠、张济等人欲向朝廷投降，王允不许，于是李傕、郭汜等人又率领仅剩的飞熊军反攻长安，在长安折腾了四年，其霍乱时间甚至比董卓还要长上一年。后因李傕、郭汜、樊稠、张济等人内讧，李傕杀樊稠，并跟郭汜火拼，张济出走屯兵弘农郡。被曹操寻找机会，趁机歼灭。
值得一提的是，张济屯兵弘农郡，军粮匮乏，士兵无粮可食，于是率兵南下掠夺荆州穰城，结果被荆州牧刘表的军队乱箭射死。张济死后，张绣接管了叔叔张济的军队，归附刘表，屯兵宛城。公元197年，曹操南征来到淯水时，张绣自知不敌，率众投降。曹操见张济妻子貌美，便纳为夫人。张绣不满，为此感到耻辱。于是率领仅剩的飞熊军余部，偷袭曹操驻宛城的大军，杀了曹操的长子曹昂，侄子曹安民，爱将典韦。后曹操率军反攻宛城，张绣投降，这支飞熊军基本被曹操肃清。
随着张绣宛城投降，飞熊军正式退出汉末诸侯征伐的舞台。成为东汉末年最早退场的精锐部队。
